Naigaga sinh ra ở quận Namutumba, tiểu vùng Busoga, vào ngày 22 tháng 5 năm 1979 trong một gia đình Hồi giáo ở Basoga. Bà học giáo dục tiểu học tại quận Namutumba tại quê nhà, đạt được chứng nhận PLE vào năm 1992.

Naigaga sau đó học tại trường trung học Bugobi để học O-Level, đạt chứng chỉ UCE năm 1996, và sau đó là trường trung học cấp ba St. Mathias Kalemba Nazigo để học A-level và đạt được chứng chỉ UACE vào năm 1998.

Naigaga tiếp tục học tiếp tại Đại học Makerere và tốt nghiệp năm 2002 với bằng Cử nhân Khoa học Thống kê. Với cùng một tổ chức giáo dục đại học trên, bà đã có bằng Thạc sĩ Tài chính vào năm 2011.[1]